Risque d’infection par BA.5 chez les personnes exposées à des variantes précédentes du SRAS-CoV-2

Pour l’éditeur:

Au cours des derniers mois, omicron (B.1.1.529) est devenu la variante dominante du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), montrant un certain degré d’évasion immunitaire.¹ Les principales sous-variantes de l’omicron, BA.1 et BA.2, sont progressivement remplacées par BA.5 dans de nombreux pays, peut-être en raison d’une transmissibilité accrue et d’une évasion immunitaire partielle causée par BA.1 et BA.2.^2,3 La protection fournie par BA.1 contre l’infection par la sous-variable BA.5 est critique car les vaccins adaptés dans les essais cliniques sont basés sur BA.1.

Le Portugal a été l’un des premiers pays touchés par la domination du BA.5. Nous avons utilisé le Registre national des maladies à coronavirus 2019 (Covid-19) (SINAVE) pour calculer le risque d’infection par BA.5 chez les sujets ayant une infection documentée avec des variantes antérieures, y compris BA.1 et BA.2. Le registre comprend tous les cas signalés dans le pays, quelle que soit leur présentation clinique.

Figure 1. Figure 1. Effet protecteur d’une infection précédente par le SRAS-CoV-2 sur l’infection par la variante Omicron BA.5.

Comme le montre le panneau (a), nous avons identifié les périodes (en différentes couleurs) au cours desquelles une seule variante était représentée dans plus de 90 % des isolats de l’échantillon (données du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère national). [SARS-CoV-2] contrôle de la diversité génétique⁴). Les périodes en gris représentent les moments où plus d’une variable était en circulation. Compte tenu de la transition relativement lente entre la dominance de la variante omicron BA.1 et la dominance de la variante omicron BA.2, nous avons regroupé BA.1 et BA.2 dans l’analyse. Nous n’avons inclus aucun sujet infecté dans les 90 jours précédant la dominance du sous-facteur omicron BA.5. Le panneau B montre l’efficacité de la protection contre l’infection pendant la période de contrôle BA.5 (à partir du 1er juin 2022) chez les sujets ayant une seule infection dans les périodes de dominance des différentes variantes, comme le montre le panneau A, par rapport aux sujets sans Infection au 1er juin. Les personnes infectées avant le 1er juin n’ont pas été incluses dans l’étude. 𝙸 Les barres représentent les intervalles de confiance à 95 %.

La surveillance génétique nationale du SRAS-CoV-2 a identifié des périodes au cours desquelles différentes variantes représentent plus de 90 % des isolats.⁴ Nous avons identifié tous les sujets qui ont eu leur première infection au cours des périodes de contrôle pour chaque variable, afin de calculer leur risque d’infection au cours de la période de contrôle BA.5 (Figure 1a). Nous avons regroupé BA.1 et BA.2 en raison de la transition lente entre les deux sous-variables dans la population. Enfin, nous avons calculé le risque de BA.5 pour une population qui n’avait aucune infection documentée avant la dominance de BA.5 (1er juin 2022).

Nous avons constaté qu’une infection antérieure par le SRAS-CoV-2 avait un effet protecteur contre l’infection par BA.5 (Illustration 1b et tableau S1 dans l’annexe supplémentaire, disponible avec le texte intégral de cette lettre sur NEJM.org), et cette protection était maximale pour une infection antérieure par BA.1 ou BA.2. Ces données doivent être considérées dans le contexte de l’infection par pénétrance dans une population hautement vaccinée, étant donné que plus de 98 % de la population étudiée au Portugal a terminé la série de primovaccination avant 2022.

La conception de l’étude ne peut pas éliminer tous les facteurs de confusion (voir la section de discussion dans l’annexe supplémentaire). De plus, une limitation est l’effet putatif d’une diminution de l’immunité dans une population présentant une immunité hétérozygote (infection et vaccination antérieures). Nous avons constaté que l’infection par BA.1 ou BA.2 chez les sujets vaccinés offrait une protection plus élevée contre BA.5 que l’infection par des variants pré-omicron, conformément à un rapport récent d’une conception de test négative.⁵ Cependant, les infections BA.1 ou BA.2 se sont produites plus près de la période de dominance BA.5 que les infections avec des variantes antérieures. On a l’impression que la protection offerte par une infection antérieure par BA.1 ou BA.2 est très faible, étant donné le grand nombre d’infections par BA.5 parmi les personnes précédemment infectées par le virus BA.1 ou BA.2. Nos données suggèrent que cette perception est probablement le résultat d’un plus grand groupe de sujets infectés par BA.1 ou BA.2 par rapport à l’infection par d’autres sous-variables, et n’est pas étayée par les données.

Dans l’ensemble, nous avons constaté que les infections pénétrantes avec la variante BA.5 étaient moins susceptibles chez les personnes ayant des antécédents de SRAS-CoV-2 dans une population hautement vaccinée, en particulier pour les infections antérieures BA.1 ou BA.2, que chez les sujets non infectés . . .

João Malato, MA.
Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes, Lisbonne, Portugal

Roy M. Ribeiro, Phil D.
Laboratoire national de Los Alamos, Los Alamos, Nouveau-Mexique

Pedro P. Leite, MD
Pedro Casaca, M.D.
Eugenia Fernandez, Ph.D.
Direção Geral da Saúde, Lisbonne, Portugal

Carlos Antunes, Ph.D.
Université de Lisbonne, Lisbonne, Portugal

Valter R. Fonseca, MD, Ph.D.
Direção Geral da Saúde, Lisbonne, Portugal

Manuel C. Gomez, Ph.D.
Université de Lisbonne, Lisbonne, Portugal

Luis Graça, MD, Phil D.
Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes, Lisbonne, Portugal
[email protected]

Ce message a été publié le 31 août 2022 sur NEJM.org.